En 2001 se estableció el Programa Peninsular y debido a la complejidad de estudiar un territorio tan vasto y variado como la Península de Yucatán, en 2008 se le otorgó estatus de Unidad Regional del CIESAS. En sus más de 20 años de presencia en la región ha consolidado su presencia en investigación y docencia.

La misión de la sede es analizar la sociedad regional pasada y presente a partir de las distintas áreas de la antropología, la historia, la etnohistoria, la lingüística y las ciencias sociales que se abocan a la comprensión y explicación del desarrollo social, a través de la investigación básica y aplicada, la formación de recursos humanos, la difusión del conocimiento, así como la colaboración con otras instituciones que compartan la misma misión.

CIESAS Peninsular forma parte del Sistema de Investigación e Innovación Científica (SIIDETEY), plataforma de integración institucional que ayuda a la materialización de la ciencia, la tecnología y la innovación. Además, cuenta con instalaciones dentro del Parque Científico Tecnológico de Yucatán (PCTY).

El CIESAS Peninsular se dedica a la investigación, a la docencia a través de sus posgrados en Historia, a la difusión de sus resultados de investigación y a la vinculación con diferentes instituciones y diversos grupos de la sociedad.