En la actualidad la sede oferta dos programas de posgrado, maestría y doctorado en Historia, reconocidos por el Programa Nacional de Posgrados de Calidad del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt).  Cuenta con una planta académica consolidada de doctores en Historia y en Antropología, adscrita de tiempo completo a la institución, lo cual garantiza la sólida formación de los estudiantes.

Los Seminarios Permanentes son los siguientes: El pueblo maya y la sociedad regional. Análisis histórico y contemporáneo; el Seminario-Taller Permanente Reformas Borbónicas e Instituciones Coloniales en la América Hispánica, el seminario Turismo, globalización y sociedades locales en la Península de Yucatán y el Taller anual de metodologías y herramientas visuales para la investigación social.